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KO 细胞池构建

敲除细胞池是使用 CRISPR-Cas9 技术生成的异质细胞群体,其中特定基因被靶向敲除。该过程涉及设计和合成靶向感兴趣基因的导向 RNA(gRNA),将 CRISPR-Cas9 试剂转染到细胞中,并允许细胞增殖。由于转染效率和 CRISPR-Cas9 活性不会达到100%,敲除细胞池将是具有不同基因型的细胞混合物。

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利用 CRISPR/Cas9 构建稳定敲除细胞池的步骤如下:

1.设计和构建 CRISPR-Cas9 试剂:包括设计和合成靶向感兴趣基因的导向 RNA(gRNA)。

2.细胞转染:将 CRISPR-Cas9 试剂与 gRNA 一起转染到目标细胞中,使用电穿孔或脂质介导转染等方法。

3.转染细胞的筛选:转染后,通常使用适当的标记物(如抗生素抗性或荧光蛋白)对细胞进行筛选,以富集摄取 CRISPR-Cas9 试剂的细胞。

4.转染细胞的扩增:选择的细胞在培养中被允许增殖和扩展,以生成敲除细胞池。

5.敲除效率分析:可以使用 PCR、Western blotting 或测序等各种方法评估敲除池的敲除效率,以确认目标基因的破坏。

6.敲除池的表征:通过分析细胞的异质性并评估基因敲除的功能后果来表征敲除池。

需要注意的是,敲除细胞池是一种由具有不同基因型的细胞组成的异质混合物,因为转染效率和 CRISPR-Cas9 活性并不是100%高效的。这与克隆敲除细胞系形成对比,后者涉及隔离和扩增具有特定敲除基因型的单个细胞。

KO 细胞池构建的优势:

  • 成本效益:生成敲除细胞池的成本通常比生成克隆敲除细胞系要低得多。
  • 时间效率:生成敲除细胞池所需的时间比生成克隆敲除细胞系要少。
  • 更快的结果:三周内提供结果,无需研究人员设计、优化和执行 CRISPR 工作流程。
  • 更高的成功率:使用专有多引导技术来靶向编码蛋白基因,提高编辑效率,最大程度上实现功能性敲除,从而提高成功率并获得更可靠的数据。
  • 细胞的异质混合:由于转染效率和 CRISPR-Cas9 活性从未达到100%,敲除细胞池将是一种具有不同基因型的细胞的异质混合。
  • 这些优点使敲除细胞池成为一种成本效益高、时间高效的选择,可以生成敲除细胞并获得功能性敲除结果。然而,在选择敲除细胞池和克隆敲除细胞系之间时,需要考虑研究项目的具体要求和所需的基因同质性水平。

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