Q：用于质谱检测的蛋白溶液样品溶剂要求?

A：蛋白溶液 SDS 含量低于 0.1%。

Q：用于质谱检测的蛋白溶液样品蛋白量要求?

A：单一蛋白溶液蛋白总量不少于 15μg；混合蛋白溶液蛋白总量不少于 50μg（若各成分蛋白含量相差较大，含量较少的蛋白不易被检测到）。

Q：用于质谱检测的胶条样品大小要求？

A：胶条以 1cm * 1cm 为宜，胶条过大容易导致酶解效率低，建议分成多份进行酶解。

Q：用于质谱检测的胶条样品染色要求？

A：胶条一般进行银染或者考染；若检测全部整个泳道蛋白的，可直接固定无需染色；染色无需颜色过深（脱色反而费时）。

Q：用于质谱检测的胶条样品切胶要求？

A：若检测单一蛋白条带，则只切取该蛋白条带位置即可；若检测多个蛋白条带，则分别切取后合并；若检测整个泳道蛋白，建议样品只跑较短时间浓缩胶或分离胶即可切取检测。

Q：用于质谱检测的胶条样品蛋白量要求？

A：若为单一蛋白条带，该蛋白量不少于 20μg；若为多个蛋白条带，各个蛋白的蛋白量不少于 20μg；若为整个泳道蛋白，蛋白总量不少于 50μg（其中含量较低的蛋白不易检测）；若为纯化后蛋白的互作蛋白条带，建议纯化前蛋白量不少于 5mg（纯化前蛋白量过低，导致纯化后互作蛋白含量较低，检测蛋白数目较少）；胶条蛋白量不能依靠胶条染色的颜色深浅来判断，因为显色时间越长，颜色会越深。

Q：纯化后蛋白可以直接使用蛋白溶液进行检测吗？

A：不推荐，纯化蛋白时通常会使用抗体（亲和纯化不需要），如果不进行 SDS-PAGE 分离，抗体会发生干扰；如果进行兴趣蛋白的互作蛋白的研究，则必须进行SDS-PAGE从而实现将兴趣蛋白排除（兴趣蛋白一般会是高丰度的表达，不排除会造成检测干扰）；如果一定要送溶液的样本，推荐下列洗脱方式（beads洗脱酸洗：elution buffer ：0.2M Glycine，0.15% NP40，pH 2.3）；但是后续样本处理会影响蛋白数量。

Q：细胞样本直接送样做全组学实验，前期应该如何准备？

A：细胞准备方法：悬浮细胞的处理方法是：1000g，4℃离心5mn，收集细胞，弃掉上清。4℃预冷的PBS轻轻吹打洗涤沉淀后转移至1.5m离心管中，1000g，4℃离心5min，重复三次。尽可能多的弃掉上清液。细胞沉淀用液氮速冻，保存于-80℃。贴壁细胞的处理方法是:弃掉培养基，加入4℃预冷令的PBS洗涤细胞，重复两次。加入4℃预冷的PBS，用预冷的千净细胞刮棒将细胞刮于培养皿一侧(动作要快)冰上斜置培养皿，使缓冲液流向—侧。移液管吸取溶解产物至预冷1.5m离心管中。1000g，4℃离心5min，尽可能多的弃掉上清液。细胞沉淀用液氮速冻，保存于-80℃。

Q：组织样本直接送样做全组学实验，应如何准备样本？

A：动物组织常规动物组织(包括脑、心、肝、脾、肺、肾、肌肉和皮肤等；软体动物如血吸虫)的处理方法是:新鲜配制的PBS洗涤两次，去除残留的血液和污染物；迅速剥去脂肪和结缔组织，PBS冲洗干净；用干净的吸水纸吸取水分；迅速放入液氮速冻，保存在-80℃。 坚硬动物组织(包括软骨、硬骨和牙组织等)的处理方法是:新鲜配制的PBS洗涤两次，去除残留污染物，用千净的吸水纸吸取水分；迅速放入液氮速冻，保存在-80℃。

Q：为什么我免疫共沉淀的目标蛋白质谱没有检测到?那么我这次实验结果能用吗？

A：关于目标蛋白质谱检测，有一点需要了解，质谱打不到不代表实验没有该目标蛋白，质谱打到的一定表示存在，所以说质谱只能证明蛋白存在，不能证明不存在；其次是这个目标蛋白富集下来以后是给的全部蛋白溶液，IP富集提高的丰度有限，如果有其他高丰度蛋白存在，目的蛋白有检测不到的可能，并不代表该蛋白在溶液中不存在。即便是目标蛋白不存在，只要其他结果能证明IP是成功的（例如IB，WB），那么质谱结果中如果有预期互作蛋白，也是可以用的，只要能找到合格的二级谱图。

Q：我想导出所有的蛋白谱图，且谱图能保存多久?

A：关于导出蛋白或者肽段谱图的情况说明，一般只能导出蛋白的二级肽段峰图，发文章所需谱图不是很多，一般是导出3张左右特异肽段的谱图即可，谱图不会丢失，只要妥善保管数据即可。

Q：送样信息单中物种拉丁文名称的信息应该如何填写？

A：对于填写表单信息，蛋白拉丁文名称，指的是物种的名称。蛋白类型根据您做的样本情况，胶条一般指的是蛋白定性，技术路线主要写您前后实验目的，以便我们技术针对性去安排质谱实验。一般做筛选鉴定互作蛋白，都选择溶液混合物，不是蛋白组学；特定数据库要上传您外源导入蛋白，细胞或者组织来自哪个物种，就填写哪个物种的拉丁文名称。

Q：质谱结果中的score=0是什么原因，这些结果是否有意义？

A：Score是0的表示只有一个unique peptide，展示的目的是有些文献也有用鉴定到一个肽段作为找到这个蛋白的证据。但是基本上都是unique peptide大于等于2的找到1条的也有文献认可的，这个是根据客户不同需求，对于分析的卡值严格程度不同，所以对score=0的也会有展示的如果客户要求比较严格，可以不参考这些数据，如果二级谱图质量不好，也是不能使用上述数据。

Q：想检测某个特定蛋白的棕榈酰修饰，我该如何选择？

A：关于目标棕榈酰蛋白修饰检测，有一点需要了解，如果有该特定蛋白的IP抗体，可以考虑选择AM10313或者AM10314试剂盒，进行检测，最终以目标蛋白修饰为准；或者考虑用AM10315试剂盒先进行反应，后续再用目标WB抗体进行孵育检测。

Q：如果我想看组织中或者细胞中的所有修饰情况，应该考虑哪个方法?

A：全蛋白的棕榈酰修饰位点分析，根据实验室情况和手上平台资源进行选择，如果有合作质谱平台则可以考虑AM10419进行全组织提取蛋白，最后合并后进行质谱检测分析，但是因为经过富集处理，后续肽段质量或者数量会有一定程度的衰减；部分经费预算充足的可考虑棕榈酰组学服务，公司也可以提供相关的全修饰组学质谱服务。

Q：实验过程中，遇到问题我该如何处理？

A：我们所有实验过程均有设置可以暂停的关键节点，如果出现任何操作或者反应现象异常的问题；均可及时与我司售前或者售后人员联系，以便获取及时的实验状态调整，避免实验失败。

Q：试剂盒中的二抗是否有提供？

A：试剂盒名称中包括“HRP”等字样的描述，皆表示含有反应中所需的二抗试剂，部分所在实验室会有相关的HRP二抗对应试剂，因此可以考虑购买不含此试剂的试剂盒，具体情况还需咨询我司售前或者售后同事。